Malé vodní elektrárny většinou pracují na menších tocích, jejichž průtok se mění v závislosti na ročním období a úhrnu srážek. Na rozdíl od velkých vodních elektráren se přitom musejí obejít bez vysokých hrází zajišťujících potřebný spád a stálou zásobu vody, jejichž výstavba je nereálná z ekonomických i ekologických důvodů. V daleko větší míře proto musejí být přizpůsobeny konkrétním podmínkám lokality, v níž se nacházejí. Při vhodném umístění a konstrukčním řešení ale mohou patřit k nejekologičtějším a nejekonomičtějším energetickým zdrojům vůbec.

Malé vodní elektrárny neprodukují žádné emise ani odpady, obejdou se bez zásobování palivy a nemají přílišné nároky na údržbu. Na rozdíl od fotovoltaických nebo větrných elektráren nekolísá množství jimi vyprodukované elektrické energie podle střídání dne a noci nebo okamžitých změn počasí. Dodávky lze lépe plánovat a nedochází tak k nárazovému přetěžování elektrizační soustavy. Malé vodní elektrárny navíc často bývají provozovány v místech, kde je přinejmenším část jimi vyrobené energie spotřebovávána, čímž odpadají ztráty vznikající při jejím přenosu na dlouhé vzdálenosti.

V podstatě jediným ekologickým úskalím malých vodních elektráren může být jejich potenciálně negativní vliv na ekosystémy toků, jejichž vodu využívají. Jde o zásahy do okolní přírody při výstavbě elektrárny, vytvoření překážky bránící přirozené migraci ryb a vodních živočichů a především pak možné narušení ekosystému velkým odběrem vody. Při dodržení podmínek pro výstavbu a provoz elektrárny stanovených v rámci vodoprávního a stavebního řízení by však všechna tato nebezpečí neměla přírodu nijak ohrozit. Případné nedodržení těchto podmínek bývá přísně postihováno.